À titre d'avocate et de chercheure, Anne Fournier œuvre dans les domaines de l'enfance et de la famille depuis plus de quinze ans. Elle a publié des articles en ces matières et a aussi collaboré à un ouvrage (2002) sur la médiation familiale. Au cours de la dernière décennie, Anne Fournier a contribué à la conception et à la mise en œuvre d'un régime particulier de protection de la jeunesse spécifiquement destiné aux enfants Atikamekws et à leurs familles. Ces travaux ont conduit à l'introduction de l'article 37.5 à l'intérieur de la Loi sur la protection de la jeunesse le 21 juin 2001, celui-ci permettant notamment aux communautés autochtones de conclure une entente avec le gouvernement du Québec afin d'appliquer un régime particulier de protection de la jeunesse sur un territoire déterminé et pour une population identifiée.